Zwiedzanie wystawionych na piętrze dzieł sztuki z Thiry wymaga sporych rezerw energii. Pieczołowicie odrestaurowane freski przedstawiające małpy, antylopy i kwiaty plus malowane drewniane krzesła i łóżka po prostu zwalają z nóg. Wszystko powstało ok. 1450 r. p.n.e., kiedy na Krecie istniała cywilizacja minojska, i zostało wykopane w Akrotiri na wyspie Thira (Santoryn).

W innych salach na piętrze wystawiono zbiory ceramiki. Sale 49-50 zajmuje sztuka geometryczna (1000-700 p.n.e.), 52-53 — ceramika czarnofigurowa z VI w., 54 — ceramika czarno- i czerwonofigurowa, zaś 55 i 56 — białe urny na prochy zmarłych i ceramika z IV w. Wiele z tych eksponatów jest uderzająco pięknych, niestety nie zadbano o opatrzenie ich jakimikolwiek informacjami czy wyjaśnieniami, tak że wielu turystów — z braku czasu bądź kondycji — w ogóle omija tę część muzeum.

W południowym skrzydle budynku, do którego wchodzi się na pierwszym piętrze, zwiedzającym udostępniono zbiory monet, liczące w sumie przeszło 400 tysięcy sztuk i obejmujące okres od czasów mykeńskich (z homeryckim motywem podwójnego topora) po macedońskie. W gablotkach wystawiono jedynie niewielką część całej kolekcji, także i w tym przypadku zupełnie bez wyobraźni i polotu.