Na mocy ustawy z 1926r. Athos uzyskał status „Republiki Teokratycznej”. Rządy sprawuje tu ze stolicy w niewielkim miasteczku Karies Agia Epistasia („Święta Inspekcja”), czyli rada złożona z dwudziestu przedstawicieli wybieranych co roku w każdym klasztorze. Athos to terytorium neutralne i autonomiczne, od 1913 włączone do Grecji. Wszyscy mnisi obcego pochodzenia muszą przyjmować greckie obywatelstwo, a rząd grecki utrzymuje tu swego gubernatora i niewielki oddział policji.
Każdy monaster ma swoje wyraźne, odrębne miejsce w hierarchii klasztorów: prestiżowe pierwsze miejsce zajmuje Megistis Lavras, dwudzieste — Kastamonitou. Wszystkie pozostałe osady podlegają któremuś z dwudziestu „rządzących” klasztorów i dzielą się na skitia (albo nieduża grupa budynków, albo zabudowania niczym na oko nie różniące się od zwykłego klasztoru), kellia (rodzaj gospodarstwa rolnego) i isikastiriony (samotna pustelnia, często jaskinia). Na Athos mieszka tyle samo mnichów co osób świeckich, zatrudnionych przez klasztory w charakterze pracowników fizycznych, głównie w rolnictwie.
Historia klasztorów na Athos nie jest do końca jasna, z faktami często przeplatają się legendy. Najpopularniejsza powiada, że kiedy Matka Boska płynęła na Cypr, wiatry przygnały statek ku tutejszym brzegom; Maryja zachwyciła się górą cudownej piękności, a tajemniczy głos poświęcił to miejsce w jej imieniu. Wedle innych źródeł pierwszy klasztor ufundował w IV w. Konstantyn Wielki, ale jest to zdecydowanie zbyt wczesna data. Najwcześniejsza wzmianka w przekazach historycznych dotycząca mnichów z Athos pochodzi z 843 r., kiedy to wzięli oni udział w pracach rady cesarzowej Teodory; najprawdopodobniej pierwsi mnisi pojawili się tu pod koniec VII w. Athos szczególnie odpowiadał wczesnochrześcijańskiemu życiu klasztornemu; jego odludne stoki zapewniały bowiem doskonałą izolację, od świata zewnętrznego — zwłaszcza od Arabów na wschodzie i ikonoklastów w Cesarstwie Bizantyjskim (VIII-IX w.). Co więcej, wyjątkowe piękno tej ziemi, które tak urzekło Matkę Boską, ułatwiało niewątpliwie nawiązywanie mistycznego kontaktu z Bogiem.
Pośród pierwszych mnichów największą sławą cieszyli się Piotr Atonita i św. Eutymiusz z Salonik; w połowie IX w. obaj wiedli żywot pustelników w jaskiniach na zboczach góry. W 885 r. cesarz Bazyli I w specjalnym edykcie uznał Athos za wyłączną własność mnichów (według innych źródeł uczynił to w VII w. cesarz Konstantyn) i pustelnicy poczęli stopniowo organizować się w społeczności zwane cenobiami (dosł. „wspólne życie”). Rok 963 tradycyjnie zwykło się uważać za datę powstania pierwszego klasztoru, Megistis Lavras, założonego przez Atanazjusza Atonitę; znacznego wsparcia finansowego udzielił dla tego zbożnego celu cesarz Nicefor Fokas. Przez następne dwa wieki, przy poparciu kolejnych władców bizantyjskich przybywały dalsze monastery; w sumie powstało ich czterdzieści (podobno w każdym mieszkało aż tysiąc mnichów), nie licząc pomniejszych osad.
Kłopoty zaczęły się pod koniec XI w., kiedy kilkakrotnie zjawili się tu żądni łupów piraci. Jeszcze większym zagrożeniem okazało się osiedlenie w okolicy 300 wołoskich rodzin pasterskich. Po różnych skandalizujących jakoby kontaktach między mnichami a pasterkami, Wołochów ostatecznie przegnano, a nowa cesarska chryzobulla zabroniła wstępu na Athos wszelkim istotom płci żeńskiej — tak kobietom, jak i samicom zwierząt. Edykt ów, zwany avatonem, obowiązuje po dziś dzień.
W XII w. klasztory zaistniały na arenie międzynarodowej, przynajmniej w obrębie Kościoła Prawosławnego, masowo zaczęli tu bowiem napływać mnisi z Rumunii, Rusi, i Serbii, uciekający przed wstrząsami doczesnego świata. Sam Athos padł ofiarą najazdów frankońskich w okresie okupacji Konstantynopola (1204-61); również potem musiał się przeciwstawiać naciskom unionistów z Salonik, dążących do połączenia z Kościołem Katolickim; na dziedzińcu Zografou stoi pomnik ku czci mnichów poległych w walce o niepodległość Kościoła Prawosławnego. W XIV w. straszliwych spustoszeń dokonali tu w ciągu dwóch lat katalońscy najemnicy, ale monastery podźwignęły się ze zniszczeń, przede wszystkim dzięki hojnym Serbom; wiek XV i XVI to ponowny okres świetności.
Po zdobyciu Konstantynopola przez Turków mnisi przezornie postanowili nie protestować i utrzymywali dobre stosunki z każdym kolejnym sułtanem, z których jeden złożył nawet oficjalną wizytę państwową na Athos. Pod koniec średniowiecza pojawiły się kłopoty ekonomiczne związane ze słonymi podatkami i konfiskatami. Klasztory broniły się wprowadzając w miejsce wspólnoty majątkowej idiorytmiczną formę życia klasztornego, w której poszczególni mnisi mieszkają i modlą się w luźnej społeczności, ale pracują i jedzą osobno. Athos pozostał jednak duchowym centrum prawosławia i w XVII i XVIII w. był nawet w stanie budować i utrzymywać własne szkoły.
Prawdziwy upadek nastąpił po Powstaniu Greckim, w którym wielu mnichów walczyło ramię w ramię z powstańcami. W Macedonii z buntownikami rozprawiono się bez trudu, Turcy utrzymali się u władzy, a największymi przegranymi okazali się mnisi. Na górze osadzono stały garnizon turecki, zaś liczba mieszkańców republiki gwałtownie spadła, bowiem po powstaniu na południu niepodległej Grecji Kościół grecki zaczął mieć nieco inne priorytety.
Na przełomie XIX i XX w. próżnię usiłowali wypełnić prawosławni mnisi z zagranicy, zwłaszcza z Rosji (przed rewolucją październikową). Ojcowie Athos zawsze jednak byli przeciwni wszystkim tym rozwiązaniom, które mogłyby podważyć greckość Świętej Góry i obstawali przy tym nawet za cenę utraty materialnej, zamożności. W początkach lat sześćdziesiątych liczba mnichów osiągnęła najniższy poziom w historii: ledwo tysiąc (w czasach świetności było ich ok. 20 tysięcy). Dzisiaj sytuacja nieco się poprawiła, mnichów jest około 1700, znacznie przy tym obniżyła się średnia wieku.
Pewien wzrost zainteresowania życiem klasztornym po części spowodowany jest przesytem wszechobecnym materializmem, ale przede wszystkim falą nader wojowniczego sekciarstwa, które ogarnęło tak Świętą Górę, jak i cały Kościół Prawosławny. Aktywna rekrutacja i ewangelizacja zaowocowały całą rzeszą nowicjuszy ze wszystkich kontynentów, co szczególnie widoczne jest w takich klasztorach jak Simopetra, Filotheou i Vatopediou.
Krytycy, w tym przynajmniej jeden niezadowolony były mnich, twierdzą jednak, iż owi zeloci dość brutalnie obchodzą się z niektórymi tradycjami na Athos, zmuszając np. wiele klasztorów idiorytmicznych do zmiany statusu na cenobityczny. Nowi mnisi próbują też — co przypomina sytuację z początków wieku — rekrutować kolejnych nie-greckich braci i przyjmować pielgrzymów z ojczystych krajów, podważając tym samym wspólne cele Kościoła Prawosławnego i hellenizmu. Spory tego rodzaju wydawać się mogą czymś zaskakującym we wspólnocie oddającej się przede wszystkim doskonaleniu ducha, ale pamiętać należy, że walki doktrynalne zawsze odgrywały istotną rolę w historii monasterów na Athos, że większość mnichów nadal stanowią Grecy i że przywdzianie habitu bynajmniej nie zabiło w nich wrodzonych skłonności do politykierstwa. Paradoksalnie zresztą owe kontrowersje świadczą tym dobitniej o odrodzeniu duchowym na Athos, republika mnichów znowu bowiem zaistniała na arenie politycznej.